mt-config.cgiに以下の記述を追加することで、生成されるHTMLファイルのパーミッションを644にできます。
DBUmask 0022 HTMLUmask 0022 UploadUmask 0022 DirUmask 0022
さくらインターネットやエックスサーバーの場合、Movable Typeの再構築時に生成されるファイルのパーミッションが「666」になっています。
記事ファイルの拡張子をPHPにした場合、エラーになる場合があるのでMTを設置したら、mt-config.cgiに先のコードを追加しておくと良いと思います。